1770 kommt Thomas Ziegler als viertes Kind des Bauernehepaars Franziska und Jakob Ziegler im Markt Kirchheim i. Schw. (heute Landkr. Unterallgäu) zur Welt. Er besucht das Gymnasium in Ottobeuren, tritt mit 18 Jahren als Novize in das vorderösterreichische Benediktinerkloster Wiblingen bei Ulm ein, legt 1791 die Gelübde ab und führt fortan den Ordensnamen Gregor(ius). Nach dem Studium in Freiburg im Breisgau wird er 1793 zum Priester geweiht und unterrichtet anschließend in Wiblingen, Konstanz und Freiburg Poetik und Griechisch. In dieser Zeit schreibt er zwei Bücher, die Institutiones artis poeticae und eine Geschichte des Hauses Habsburg, die in Abschriften vorliegen. 1801 wird er mit 31 Jahren Prior des Stifts Wiblingen. Im Zuge der Säkularisation wird das Wiblinger Kloster 1806 offiziell aufgehoben, eine über siebenhundertjährige benediktinische Tradition erlischt und die Mönche müssen das Kloster verlassen. Prior Gregor Thomas Ziegler geht mit vielen seiner Mitbrüder – der Einladung des österreichischen Kaisers folgend – an die galizische Benediktinerabtei Tyniec bei Krakau. Ziegler erhält eine Professur für Dogmatik an der Universität Krakau. Aus nationalen und politischen Gründen kann er sich dort nicht lange halten, so dass ihm Kaiser Franz I. 1810 die Professur für Kirchengeschichte am Lyceum in Linz überträgt. Der dort von den meisten Mitgliedern des Lehrkörpers vertretene Josephinismus (die auf den österreichischen Kaiser Joseph II. zurückgehende Form der rationalistischen Aufklärung) bleibt ihm fremd; Ziegler ist ganz der traditionellen katholischen Lehre verpflichtet. Doch auch Linz ist zunächst nur Durchgangsstation.

Nach vergeblichen Bewerbungen Zieglers um die Professur in Moral (1811) und in Kirchengeschichte (1812) in Wien beruft Kaiser Franz I. ihn 1815 an die Lehrkanzel für Dogmatik der Wiener Universität, wo er zum Kreis um den Redemptoristen Klemens Maria Hofbauer gehört. Beim Abschied aus Linz ernennt Bischof Hohenwart Ziegler zum Konsistorialrat. 1817 erscheint Zieglers dogmatische Arbeit Die Feier der hl. Firmung in der katholischen Kirche. 1822 beruft ihn Kaiser Franz I. zum Bischof der neu errichteten Diözese Tyniec-Tarnów in Galizien, er soll die Diözese neu organisieren. Der habsburgertreue „Vorderösterreicher“ folgt dem Wunsch. Er bemüht sich intensiv um die Gewinnung von Nachwuchs an Geistlichen und deren Ausbildung, errichtet ein Domkapitel und gründet ein Priesterseminar. Das raue Klima in Galizien und die daraus resultierenden gesundheitlichen Probleme sowie Schwierigkeiten mit der polnischen Sprache veranlassen Ziegler, abermals um eine Versetzung zu bitten. 

1827 wird Gregor Thomas von Ziegler (inzwischen ist er durch den bayerischen König Ludwig I. geadelt worden) Bischof von Linz; dieses Amt hat er bis zu seinem Tod inne. Ziegler gilt als der erste Bischof, der sich gezielt durch Hirtenbriefe an Priester und Gläubige in seinen Diözesen richtet. Seine Visitationsberichte an den Kaiser (bis 1834) versieht Ziegler oftmals mit literarischen Exkursen. Ab 1845 wird sein Wirken durch ein schweres Augenleiden und eine daraus resultierende Erblindung behindert. Am 15. April 1852 stirbt Bischof Gregor Thomas von Ziegler in Linz.

Gedenktafel an seinem Geburtshaus in Kirchheim i. Schw.

Auf literarischem Gebiet hinterlässt Bischof Ziegler neben einem lateinischen Lehrbuch der Dogmatik zahlreiche Hirtenbriefe und Predigten, pastorale Schriften, theologische Abhandlungen und Übersetzungen (z.B. Sämmtliche Werke der Kirchen-Väter, 1839). Als geistliches Testament Zieglers werden die Verba salutis, die er 1843 anlässlich seines 50-jährigen Priesterjubiläums an seinen Klerus richtet, seine 1850 publizierte Schrift Der Glaube an Gottes Wort bahnt den einzig sicheren Weg in den Himmel und nicht zuletzt sein letzter Hirtenbrief aus dem Jahr 1852 angesehen. Eine Biographie Zieglers samt Bibliographie enthält das Werk Biographisches Lexikon des Kaiserthums Österreich, Theil 60 (1891).