Jürgen Huber wächst im „Glashüttenmilieu“ in Altenstadt a.d. Waldnaab auf. Schon im Kindergarten spielt er Theater. Nach der Volksschule besucht er das Gymnasium in Weiden, das er jedoch vorzeitig abbricht. Jürgen Huber beginnt 1970 eine Ausbildung zum Buchdrucker und besucht nach der Berufsoberschule Regensburg anschließend in Weiden die Fachoberschule (Bereich Gestaltung), die er mit dem Fachabitur 1976 abschließt. Seinen Zivildienst leistet er beim Bayerischen Roten Kreuz ab.

In Regensburg wird Jürgen Huber 1979 Mitbegründer des Kartenhaus Druck- und Verlagskollektivs, das er nach einem längeren London-Aufenthalt 1987 wieder verlässt, um sich ganz seiner Kunst widmen zu können. Seit dieser Zeit ist Huber in vielen nationalen und internationalen Ausstellungen vertreten. Die bibliophilen Kataloge (DOMINO. THEORIE: WARUM. VÖGEL. FLIEGEN, 1992; hortus conclusus. Orte der Liebe, 1995) ediert er selbst. Im April 2005 gestaltet Huber bei den 21. Weidener Literaturtagen die Auftaktausstellung. Auch als Buchillustrator macht er sich einen Namen, so u.a. in Barbara Krohns Lyriksammlung Orte der Liebe (2004).

Von 1985 bis 1992 ist Jürgen Huber in Regensburg Mitglied der überregional erfolgreichen Künstlergruppe WARUM VÖGEL FLIEGEN. 2002 beteiligt er sich an der Gründung des KunstvereinsGRAZ, dessen Vorsitzender er von 2005 bis 2010 ist. Studienaufenthalte führen ihn u.a. in die USA, nach Äthiopien, Italien, Slowenien, Polen sowie Finnland.

Durch den Widerstand um die Wiederaufbereitungsanlage (WAA) Wackersdorf in der Oberpfalz kommt Jürgen Huber zur Anti-Atom- und Friedensbewegung, wo er bereits bei der Herausgabe von WAA. Ein Lesebuch (1982) mitgewirkt hat. Als Sprecher der Oberpfälzer Bürgerinitiativen hat er im Februar 1985 die Demo-Leitung in Schwandorf vor 40000 Menschen beim Auftritt des Salzburger Publizisten und Zukunftsforschers Robert Jungk (Der Atomstaat) mit dem Vorsitzenden des Bundes Naturschutz Hubert Weinzierl. 

Jürgen Huber ist seit 2007 Mitglied im Bündnis 90/DIE GRÜNEN und seit 2010 auch Sprecher im Landesarbeitskreis KULTUR. Er ist zudem Mitglied der Kultur-Politischen Gesellschaft (Bonn), im Bildwerk Frauenau und im Oberpfälzer Kulturnetzwerk KoOpf.

Seit 2008 gehört der Künstler und Kulturmanager Jürgen Huber dem Regensburger Stadtrat an. Im Mai 2014 wird er zum 3. (berufsmäßigen) Bürgermeister gewählt, kraft Amtes er den Vorsitz im Ausschuss für Umweltfragen, Natur- und Klimaschutz führt. Seine Bürgermeisterperiode endet im Frühjahr 2020.

Bürgermeister und Maler-Poet Jürgen Huber eröffnet am 9. April 2018 im Regensburger Donaueinkaufszentrum die Fotoausstellung mit griechisch-italienischen Motiven der 1970er-Jahre von Benno Hurt. Foto: (c) privat

Im Februar 2015 erscheint – nach vierjähriger Schreibphase in Berlin und Schönsee im Oberpfälzer Wald – Hubers Debütroman Hiobertus. Ein Roman. Zum Meer. Der Titel ist eine Zusammenziehung seines latinisierten Familiennamens „Hubertus“ und der biblischen Figur „Hiob“, die auch Joseph Roth 1930 in seinem gleichnamigen Roman Hiob verwendet.

Hauptfigur im Hiobertus ist der Mittvierziger-Journalist Stefan Hiobertus, der in die Metropole Berlin reist, um die Tochter einer RAF-Angehörigen zu interviewen, die aus dem Oberpfälzischen Plößberg stammt. Als Hiobertus in seine bayerische Heimatstadt zurückkehrt, hat ihn seine Frau verlassen. Er flieht überstürzt nach Kroatien in das Hotel Nova Perspektiva, wo bald eine geheimnisvolle Unbekannte seine Gedanken beherrscht. Hier, inmitten verblichenen Glanzes, am Meeressaum unendlich wirkender Kieselstrände, trifft das (teilweise) Alter Ego des Autors auf einen ehrwürdigen russischen Dichter und Intellektuellen. Bernhard Setzwein urteilt über den Erstling von Jürgen Huber: „Was für eine Farbigkeit in den Beschreibungen! Das macht der Blick des Malers aus!“ Und Barbara Krohn resümiert: „Eine herausfordernde Reise durch Denkwelten und Phantasiewelten, von Berlin bis an ein südliches Meer, immer auf der Suche nach der eigenen politischen Identität.“

Im Oktober 2018 ediert Huber zusammen mit Gisela Bender das Lesebuch Rrrr. Regensburg wie es wirklich ist, ein illustriertes Buch über Regensburg von 13 RegensburgerInnen, WahlregensburgerInnen und NichtmehrregensburgerInnen, u.a. Barbara Krohn und Joseph Berlinger.

2020 erscheint zusammen mit dem britischen Musiker, Maler und Dichter Kevin Coyne (1944-2004) der Gedichtband Die Gedichte stehen zwischen den Zeilen. Die hier erstmalig veröffentlichten Texte und Zeichnungen der beiden Künstler stammen teilweise aus Coynes Nachlass. Als Ideengeber dieser Co-Autorschaft zeichnet der Weidener Kulturjournalist Stefan Voit verantwortlich, der seit 2012 als Kurator und Nachlassverwalter Coynes agiert. In seinem Vorwort würdigt er Hubers künstlerische Leistung: „Jürgen Huber entdeckt die Poesie und begibt sich auf ein neues Feld der Sprache. Offen, ehrlich, empfindsam, aus dem Bauch heraus, dann auch wieder deutlich und sehr persönlich erzählt er aus seinem Künstlerleben. Ein Pendeln zwischen Gauklertum und Gesellschaftskritik, zwischen laut und leise, zwischen Frühling und Winter.“

Für sein Werk hat Jürgen Huber u.a. ein Julius F. Neumüller-Stipendium der Stadt Regensburg und den Kulturförderpreis (1995) erhalten.

Der Maler-Poet heiratet 1993 Gisela Bender, Buchhändlerin an der Universitätsbibliothek Regensburg, die auch Namensgeberin für den neuen Giselaverlag ist.

Jürgen Huber lebt und arbeitet in Regensburg, seit Frühjahr 2020 in seinem Atelier-Wohnhaus in Schönsee an der böhmischen Grenze.