Der Sohn eines vermögenden Kupferschmiedes besucht in München das Wilhelmsgymnasium, bevor er in Berlin und Göttingen Jura studiert und 1830 als Dr. jur. promoviert. In Göttingen befreundet er sich mit dem ebenfalls dort studierenden bayerischen Kronprinzen Max, der ihn 1835 zum Sekretär ernennt. Dessen artistische Schöpfungen, die sich in der Ausschmückung der Burg Hohenschwangau und in eigenen lyrischen Erzeugnissen niederschlagen, werden von dem künftigen bayerischen Staatsrat und Dichter Sebastian Franz von Daxenberger genährt und geformt.

Daxenberger begleitet Max zur Brautwerbung 1842 nach Berlin. Ein Jahr später wird er Regierungsrat und verwaltet drei Jahre lang das Amt eines Zensors. 1847 steigt er zum Oberkirchen- und Schulrat auf; daraufhin ist er als Ministerialrat im Staatsministerium des königlichen Hauses und der auswärtigen Angelegenheiten tätig. 1849 ist Daxenberger kurze Zeit Abgeordneter der Frankfurter Nationalversammlung. In den Adelsstand erhoben, wird er Großkomtur des Verdienstordens der Bayerischen Krone sowie des Ordens vom Heiligen Michael und mit dem Maximiliansorden für Kunst und Wissenschaft ausgezeichnet. 1856 vertritt Daxenberger Bayern bei der Donauschifffahrtskommission in Wien, 1866 wird er bayerischer Staatsrat im ordentlichen Dienst.

Als Dichter tritt Sebastian Franz von Daxenberger unter dem Pseudonym Karl Fernau auf dem Gebiet der Lyrik, des Dramas und der Novelle hervor. Zu seinen bekanntesten Werken gehören seine durch Karl Rottmanners Komposition versehene Sendlinger Schlacht von 1835, seine im selben Jahr erschienenen Mythischen Gedichte, denen 1845 weitere Lyrik und Gelegenheitsdichtungen folgen (u.a. Erinnerungen aus Italien, Weibliche Bildnisse neben Legenden, Balladen und Romanzen). Während seine dramatischen Versuche eher unbedeutend bleiben (Drama Ulrich Schwarz, Tragödie Beatrice Cenci, beide 1841), finden Fernaus feuilletonistische Kulturschilderungen Münchener Hundert und Eins (1840/41) bei den Zeitgenossen dagegen Anklang.

Von 1841 bis 1847 redigiert Sebastian Franz von Daxenberger alias Karl Fernau das von Eduard von Schenk 1834 begründete poetische Taschenbuch Charitas, „welches mit Beiträgen von König Ludwig I., Melchior Diepenbrock, A. Fürstin von Gallitzin, A. v. Maltitz, C. F. Ph. v. Martius, C. v. Neumayr, J. A. Pangkofer, Fr. Rückert, [G]. [H]. v. Schubert, Frhr. v. Zu-Rhein, Kronprinz Maximilian, Ludw. Aurbacher, Franz Graf Pocci, Fr. Thiersch und vielen Anderen einen lehrreichen Ueberblick gewährt auf die damaligen poetischen Schwingen Baierns.“ (Hyazinth Holland)