Der Sohn eines Juristen wächst in Alfeld (Leine) auf und besucht das Gymnasium in Göttingen. Nach dem frühen Tod des Vaters und der Wiederverheiratung seiner Mutter gelangt er nach Franken, wo er in Ansbach zur Schule geht. Kurzzeitig als Hauslehrer in Nürnberg tätig, studiert er 1664 Theologie in Altdorf (Magister 1666). Zurück in Nürnberg wird er zum Dichter gekrönt (1667) und – ähnlich wie seine spätere Frau Maria Katharina – unter dem Dichternamen „Dorus“ durch seinen Freund Sigmund von Birken in den Pegnesischen Blumenorden aufgenommen.

1668 in Bayreuth ordiniert, wird Stockfleth Pfarrer in Equarhofen und Prediger im Kloster Frauental, 1669 Pfarrer sowie Superintendent in Baiersdorf. Im selben Jahr heiratet er Maria Katharina Frisch, verwitwete Heden.

Nachdem er bei Johannes Osiander zum Lizenziaten der Theologie promoviert worden ist (1678), wird Stockfleth zusätzlich mit dem größeren Dekanat Neustadt an der Aisch betraut, wo er von nun an wohnt. Wegen Streitigkeiten übernimmt er 1683 die weniger bedeutende Superintendentur in Münchberg, ein Amt, das er trotz seiner Ernennung zum höchsten kirchlichen Würdenträger in Brandenburg-Bayreuth bzw. zum Direktor des Bayreuther Gymnasiums 1696 behält.

Stockfleth bringt Gesangbücher heraus (Neu-quellender Brunn Israëls, Neu-verbessertes Marggräflich-Brandenburgisches Gesang-Buch, beide 1690), die die Lieder den formalen Anforderungen und dem Bildgebrauch barocker Kunstdichtung anpassen. Bereits 1677 erscheint sein wichtigstes theologisches Werk Sonntägliche Andachts-Stunden betitult: Die Hütte Gottes bey dem Menschen. Mit seinen Erbauungs- und Andachtsbüchern versucht Stockfleth die persönliche Frömmigkeit der Menschen zu stärken. Seine Ausgabe der Lutherbibel ist zudem die erste im Fürstentum Brandenburg-Bayreuth.

Neben seiner theologischen Arbeit tritt Stockfleth vor allem als Mitverfasser des Schäferromans Die Kunst- und Tugend-gezierte Macarie (2 Bde., 1669-73) hervor, den er zusammen mit seiner Frau Maria Katharina schreibt. Kritik an der Hof- und Adelsgesellschaft auf der einen, die Vorstellung eines tugendhaften und gebildeten Lebens auf der anderen bilden den für die Schäferdichtung typischen Kern- und Angelpunkt des Romans.

Nach dem Tod seiner Frau 1695 heiratet Stockfleth die Witwe des ansbachischen Hofrates Sophia Barbara Appold. Ein Jahr darauf unternimmt er im markgräflichen Auftrag eine Reise nach Hamburg und Schweden, um u.a. eine Musterkirchenordnung zu erarbeiten.