Magnus Niedermair, der aus  Oberrammingen bei Türkheim stammende Sohn eines Lehrers, besucht das Gymnasium in Neuburg an der Donau und die Universität München, wo er dem Georgianum angehört. 1872 empfängt er die Priesterweihe und ist zunächst Kaplan in Kempten und Augsburg, St. Moritz, bis ihm 1880 die Pfarrei Horgau und 1885 die Stadtpfarrei Dillingen zugeteilt wird. Dort kommt er in Kontakt mit Regens Johann Evangelist Wagner, der – beginnend 1847 mit einer Taubstummenanstalt – sieben Einrichtungen für Mädchen und Frauen mit Hörschädigung oder mit Lern- bzw. geistiger Beeinträchtigung gegründet hat.

Regens Wagner und Magnus Niedermair schätzen einander. Als Wagner 1886 stirbt, wird Niedermair sein Nachfolger. Er leitet das Werk, das damals den Namen Wagner'sche Wohltätigkeitsanstalten trägt und heute Regens Wagner heißt, von 1886 bis 1910. In diesen 24 Jahren entstehen neue Niederlassungen in Lautrach (1889), Burgkunstadt (1895), Holzhausen (1904) und Absberg (1910). Das Zentrum in Holzhausen erhält 1912 den Namen Magnusheim. Von Magnus Niedermair stammen die beiden Publikationen Regens Wagner und seine Anstalten für Taubstumme und Kretinen (1899) und Regens Wagner und sein Werk (1912).

Schließlich wird Magnus Niedermair vom Bischof ins Domkapitel nach Augsburg berufen. 1910 leistet er in Augsburg seinen Schwur als Domkapitular, 1916 als Domdekan und Generalvikar und 1920 als Dompropst. 1921 wird der Caritasverband der Diözese Augsburg gegründet, Magnus Niedermair ist Mitgründer und der erste Vorsitzende. Er erhält mehrere kirchliche und weltliche Auszeichnungen, u.a. die Ehrentitel Päpstlicher Hausprälat und Apostolischer Protonotar. Die Stadt Dillingen ernennt ihren langjährigen Stadtpfarrer 1910 zum Ehrenbürger und benennt eine Straße nach ihm. In Dillingen liegt er auch begraben.