Der Sohn eines Kaufmanns und spätere Arzt und Schriftsteller übt sich schon früh in religiösen Fragen, nicht zuletzt weil sein mit Lavater und Jung-Stilling befreundeter Onkel einen wesentlichen Einfluss auf ihn hat. Johann Karl Passavant studiert ab 1807 in Heidelberg und Tübingen Medizin, 1810 erwirbt er die Doktorwürde und arbeitet in diversen Krankenhäusern Wiens im Bereich der Augenheilkunde. Den Gegensatz zwischen Naturwissenschaft und Theologie versucht er zu überwinden, wobei er einem wichtigen Glaubensgrundsatz folgt: „Alle Philosophie muß zur Theosophie, alle Wissenschaft zur Mystik geläutert und verklärt werden.“ Bestärkt wird er darin durch den Landshuter Theologieprofessor und späteren Regensburger Bischof Johann Michael Sailer, der ihm ein lebenslanger Freund wird.

Nach Reisen als praktischer Arzt lässt sich Passavant 1816 in Frankfurt am Main nieder. Zwischen 1819 und 1820 hält er im Senckenbergschen Stift Vorlesungen über den Lebensmagnetismus und veröffentlicht ein Buch zu diesem Thema: Untersuchungen über den Lebensmagnetismus und das Hellsehen (1821, 2. überarb. Aufl. 1837). Durch Sailer macht Passavant Bekanntschaft mit Melchior von Diepenbrock, der ihm ein zweiter Freund wird; in seiner Heimatstadt Frankfurt verkehrt er vielfach in romantischen Kreisen.

Zwischen 1829 und 1830 hält er Vorträge über Psychologie. In dieser Zeit lernt Passavant im Rahmen der Heidelberger Naturforscherversammlung (1829) den Arzt und Dichter Justinus Kerner kennen und schätzen, ohne dessen Ansichten über den Somnambulismus jedoch zu teilen. 1832 ist er wieder in Wien beim Studium der Cholera, 1834 wirkt er bei der Neugründung des physikalischen Vereins in Frankfurt mit und hält dort die Festrede. Bei Brönner erscheint im Folgejahr seine Schrift Von der Freiheit des Willens. Seine Haltung zur neuen Heilmethode der Homöopathie schlägt sich in einer Rede vor homöopathischen Ärzten nieder (1837).

Anfang der 1840er-Jahre beschäftigt sich Johann Karl Passavant vor allem mit theologischen Fragen, die Ausdruck in den „theologischen Briefen“ an Diepenbrock, in den „philosophischen Gedanken“ (Gedenkblätter) sowie in Artikeln der Allgemeinen Zeitung finden und seinen konfessionellen Versöhnungsgedanken zwischen den beiden christlichen Kirchen widerspiegeln. Wiewohl er von ultramontaner Seite aus angegriffen wird, hält Passavant an seinen Glaubensgrundsätzen fest. Sein letztes zu Lebzeiten erschienenes Werk ist die in erbaulichem Ton verfasste religiös-sittliche Betrachtung Das Gewissen (1857).

Die Grundzüge von Passavants Schriften konzentrieren sich auf zwei Themengebiete: die Lehre vom Lebensmagnetismus und die daraus sich ableitende Hinwendung zum katholischen Dogma. Nach Passavant wirkt die organische Kraft durch bestimmte Leiter, die Nerven, kann aber auch analog zur Elektrizität über ihre Organe hinaus wirken und Einfluss auf nähere oder entferntere Gegenstände ausüben. Daraus lassen sich „lebensmagnetische Erscheinungen“ ableiten, eine nur organische, eine geistige und eine höhergeistige, die die Schranken der Natur überschreitet (Wunder). Neben dem tierischen Ahnen und magischen Schauen unterscheidet Passavant die gottbegeisterte Seherkraft, bei der der menschliche Geist Organ des absoluten Geistes wird. Letztes Ziel sieht der Autor in der Vergottung, die im Jenseits schließlich erreicht wird. Die Wirksamkeit vom magnetischen Heilverfahren und die Bedeutung des Somnambulismus für die Medizin erklären sich demzufolge genauso wie die Wunder und Weissagungen der Schrift für die Theologie, die in der katholischen Kirche behauptete Fortdauer der Mirakel und Visionen, die im Messopfer gipfelnde Sakramentenlehre oder die im Jenseits fortdauernde Läuterung der Menschenseele in den katholischen Dogmen.