Ludwig Auer erblickt 1839 in Laaber (Oberpfalz) als dreizehntes Kind seiner Eltern das Licht der Welt. Er wächst in einer Lehrerfamilie mit betont christlichem Fundament und fragloser Kirchengläubigkeit auf. Bereits als Volksschüler zieht ihn sein Vater für unterrichtliche Hilfeleistungen heran, und so wird die Liebe zur Pädagogik bei Ludwig Auer schon in jungen Jahren geweckt. Auch die religiöse Erziehung im Elternhaus prägt ihn nachhaltig.

Nach einer dreijährigen Präparadenzeit als Schulgehilfe bei seinem Vater und seinem älteren Bruder Friedrich absolviert er das Schullehrerseminar in Eichstätt. Von der Ausbildung enttäuscht, vor allem von der Kluft zwischen lebensferner Theorie und unbewältigter Wirklichkeit, wendet sich Ludwig Auer, noch mehr als 50 Jahre später in seiner Erziehungslehre, gegen die im Eichstätter Seminar gelehrte Unterrichtsmethode des mechanischen Gedächtnislernens. Nach erfolgreichem Abschluss der Lehrerausbildung übernimmt er die Stelle seines kürzlich verstorbenen Vaters an der Schule seines Heimatdorfes, wo er über 200 Kinder unterrichtet. Doch bald wird der junge Lehrer an die Seminarmusterschule nach Eichstätt berufen. Im Alter von 25 Jahren übernimmt Ludwig Auer eine Anstellung als Lehrer in Schnufenhofen bei Parsberg. Er ist entsetzt über die schlechte Schulbildung der Dorfkinder, die kaum des Buchstabierens mächtig sind und über einen äußerst geringen Wortschatz verfügen. Auer erkennt: Schulischer Unterricht bleibt fruchtlos, wenn nicht die Ursache an der Wurzel bekämpft wird, das heißt die mangelhafte Erziehung und Bildung der Kinder in den Familien. In ihm reift der Plan, einen pädagogischen „Verein zur Hebung und Verbesserung der Erziehung und der Volksbildung“ zu gründen. Diesbezüglich erlässt er in 30 Zeitschriften und in der Bayerischen Schulzeitung einen Aufruf „An alle katholischen Lehrer, an Geistliche und Familienväter“, mit der Intention, sich zu einem „katholisch-pädagogischen Verein in Bayern“ zusammenzuschließen. 1872 zählt der Verein bereits 4000 Mitglieder.

1869 verlässt Ludwig Auer endgültig den für ihn nicht zufriedenstellenden Schuldienst und widmet sich hauptamtlich publizistischen und organisatorischen Aufgaben. Er gibt zwei Zeitschriften heraus: die Katholische Schulzeitung, das Vereinsorgan, und, zunächst als Beilage dazu, Monika. Wochenblatte zur Verbesserung der häuslichen Erziehung. Letztgenanntes Periodikum, das die Stellung der Mutter „im rechten Geiste und gegen die Wirren der Zeit“ auf eine betont katholisch-christliche Plattform stellt, enttarnt beispielsweise schon 1870 die übertriebene Erziehung zur Rechtshändigkeit als völlig unbegründet (Heft 13, S. 51f.).

1872 siedelt Ludwig Auer nach Neuburg an der Donau über. Dort setzt er seinen lange gehegten Plan eines „Pädagogiums“, einer pädagogischen Arbeitsgemeinschaft aus Lehrern und Geistlichen, die sich der Volkserziehung widmet, in die Tat um. Zugleich gründet er zur finanziellen Absicherung seines Vorhabens ein Antiquariat, eine Buchdruckerei, eine Buchhandlung sowie einen Verlag. Am 4. Juni 1875 wird das Cassianeum feierlich eröffnet. Schon ein Jahr später verlegt er sein Unternehmen nach Donauwörth in das seit der Säkularisation (1803) verwaiste Benediktinerkloster Heilig Kreuz. Inzwischen ist das Cassianeum auf stattliche 30 Mitarbeiter angewachsen, das bald zu den größten Arbeitgebern Donauwörths gehört. Im Jahre 1900 zählt das Unternehmen bereits 2000 Beschäftigte (darunter Redakteure, Präfekten, Lehrer, Buchhändler, Packer, Drucker, Buchbinder und Expediteure). Folgend widmet sich Ludwig Auer unermüdlich seiner pädagogischen Idee, die ganzheitliche Erziehung in Familie und Schule zu fördern und zu unterstützen.

Er bringt immer wieder neue Zeitschriften auf den Markt, für die unterschiedlichsten Zielgruppen (Kinder, Jugendliche, Frauen, Lehrer, Geistliche, Dienstboten) u.a.: Die christliche Frau, St.-Elisabeths-Rosen, die Frauenarbeit, die Frauenwirtschaft, die Illustrierte Frauenzeitschrift, das Literaturblatt; die Zeitschriften Der katholische Frauenbund, Aus Vergangenheit und Gegenwart, Die Mutter, Die Österreichische Frauenwelt, Landjugend, Notburga, Raphael; die Deutschen Jugendhefte, Echo der Annalen Unserer Lieben Frau von Lourdes, und nicht zu vergessen, die hochangesehene katholisch-pädagogische Monatszeitschrift Pharus ‒ Monatszeitschrift für Orientierung in der gesamten Pädagogik. Großer Beliebtheit bei den Kindern erfreut sich die 1875  herausgegebene Zeitschrift Schutzengel, ein Freund, Lehrer und Führer der Kinder: „Der Schutzengel war alles andere als eine ‚Bleiwüste‘. Ludwig Auer verstand es geschickt, seine Zeitschrift durch Illustrationen und Buchstabenvignetten aufzulockern... Auch versuchte er bald, Farbe in seinem Blättchen zu verwenden, wenngleich er nicht jede Nummer farbig produzieren konnte“ (Berger 2007, S. 10). Er selbst arbeitet fleißig an der Zeitschrift mit und unterschreibt seine Beiträge mit „Onkel Ludwig“, eine Titulierung, die von den jungen Rezipienten bereitwillig übernommen wird.

Ferner ist Ludwig Auer auch in vielfältiger Weise als Schriftsteller tätig, im unterhaltenden wie im pädagogischen Bereich. In seinen Gedichten, Erzählungen, Schauspielen, Sagen etc. greift er in der Sprache des Volkes die Figuren und Themen aus der Welt der kleinen Handwerker und Arbeiter, der Bauern und Kleinbürger auf. Er versteht es auf meisterhafte und unterhaltsame Weise die Lebens- und Gefühlswelt mehrerer Generationen von Lesern anzusprechen und zu vertiefen. Seine pädagogischen Beiträge sind geprägt vom christlichen Geist, der besagt, dass dieser „alle menschlichen Lebensbetätigungen durchdringen soll“ (o.V. 1914, S. 291).

Am 2. Oktober 1889 wird in den Räumen des Cassianeums das längst geplante Knaben-Institut seiner Bestimmung übergeben. Dort erhalten aus der Volksschule entlassene Jungen die Chance einer soliden Vorbildung für den landwirtschaftlichen und gewerblichen Beruf. 1896 kommt noch ein Internat für Schüler des Donauwörther Progymnasiums hinzu.

1910 überführt Ludwig Auer, mit königlicher Genehmigung, seine Institution, die seit 1877 sein Privateigentum ist, in die Rechtsform einer Stiftung: Pädagogische Stiftung Cassianeum. Nach seinem Tod übernehmen seine beiden ältesten Söhne die Leitung derselben.

Ludwig Auer heiratet dreimal. Seine erste Ehefrau Wilhelmine Haselbeck, geb. Falker, stirbt kurz nach der Hochzeit im Alter von 28 Jahren. Seine zweite Frau Maria Dorothea Auer, geb. Heß, erliegt im Alter von 34 Jahren einer Lungen- und Darmtuberkulose. Vier Kinder im Alter von eins bis sechs Jahren sind plötzlich ohne Mutter. Nach drei Monaten heiratet der Witwer Philomena Zöschinger, eine Kaufmannstochter aus Burgau. Dem Ehepaar wird am 4. Februar 1877 Tochter Maria Philomena geboren.

Ludwig Auers sterbliche Überreste werden beigesetzt in der Familiengruft auf dem Kirchenfriedhof von Heilig Kreuz. Heute trägt in Donauwörth die Mittelschule seinen Namen. Ferner erinnern eine Straße, ein Denkmal und eine Parkanlage an der Stadtmauer an Ludwig Auer, genannt „Onkel Ludwig“.