Als Beamtensohn geboren, verbringt Michael Krüger seine Kindheit in Berlin. Dort erwirbt er 1961 sein Abitur und absolviert daraufhin eine Lehre als Verlagsbuchhändler und als Buchdrucker. Nebenbei besucht er Veranstaltungen der Philosophischen Fakultät an der Freien Universität Berlin. Von 1963 bis 1965 arbeitet er als Buchhändler in London. Danach nimmt er seine Tätigkeit als Literaturkritiker auf und wird 1968 als Verlagslektor von Hanser in München eingestellt, dessen Leitung er 1986 übernimmt und bis 2013 innehat. Zu den Autoren, die er in den Verlag holt, zählen u.a. Umberto Eco, Henning Mankell, Per Olof Enquist oder der Literaturnobelpreisträger Orhan Pamuk. Michael Krüger lebt in München und Berlin. 

Zusammen mit Klaus Wagenbach gibt Krüger die Jahrbuchreihe zur deutschen Literatur Tintenfisch heraus, die von 1968 bis 1987 besteht. Seit 1981 ist er Alleinherausgeber der Zeitschrift Akzente. Daneben ediert er Anthologien, schreibt Kritiken, übersetzt und verfasst Vor- bzw. Nachworte zu verschiedenen Sammelbänden. Seine ersten Gedichte veröffentlicht Krüger 1972 – vier Jahre später, 1976, erscheint sein erster Lyrikband Reginapoly.

Die folgenden Gedichtbände lassen sich als Versuch begreifen, ein „subversives ABC“ mit Hilfe von Reflexion und Lektüre zu erlernen: Diderots Katze (1978) entfaltet bereits im Titelgedicht die Dialektik von Wahrnehmung und Interpretation, Aus der Ebene (1982) entwickelt eine Poetik des Mangels, während Die Dronte, wofür Krüger 1986 den Peter-Huchel-Preis erhält, das Eingedenken als die eigentliche poetische Wahrnehmung praktiziert.

1984 debütiert Krüger als Erzähler mit Was tun? Eine altmodische Geschichte. Darin entwirft er das Bild eines orientierungslosen Intellektuellen, der vom Gefühl persönlicher Nichtigkeit durchdrungen wird. Auch der Chinareisende in der Erzählung Warum Peking? Eine chinesische Geschichte (1986) repräsentiert eine solche Figur. In der Novelle Das Ende des Romans (1990) wird dieses Prinzip ad absurdum geführt: Ein Schriftsteller beschließt, seinen Romanhelden am Ende des Buches sterben zu lassen, und vernichtet Seite für Seite sein auf 800 Seiten angelegtes Werk, während sein Scheitern zugleich neuen Stoff zum Erzählen liefert.

Neben Erzählungen, Gedichten und Übersetzungen schreibt Krüger auch Romane. 1991 erscheint sein erster, Der Mann im Turm, 1993 sein zweiter, Himmelfarb, 2000 Die Cellospielerin und 2005 der Roman Turiner Komödie. Bericht eines Nachlassverwalters. Letzterer ist zugleich eine Satire auf den Literaturbetrieb und wirft die Frage nach dem Sinn belletristischen Schaffens auf.

Wegen seines nachhaltigen Engagements für die zeitgenössische Literatur wird Michael Krüger im Oktober 2000 mit dem Ehrenpreis der Stadt München ausgezeichnet. Davor hat er eine Vielzahl anderer Preise erhalten: 1974 den Förderpreis Literatur der Stadt München, 1976 den Förderpreis für Literatur im Bundesverband der deutschen Industrie, 1978 den Literaturpreis der deutschen Wirtschaft, 1982 den Bayerischen Förderpreis für Literatur sowie das Stipendium der Villa Massimo, 1983 den Tukan-Preis, 1986 den Peter-Huchel-Preis, 1990 den Schwabinger Kunstpreis, 1991 die Wilhelm-Hausenstein-Medaille, 1994 den Ernst-Meister-Preis und 1996 den Prix Médicis Etranger.

Für sein Gesamtwerk erhält er schließlich 2004 den Großen Literaturpreis der Bayerischen Akademie der Schönen Künste sowie 2006 den Mörike-Preis der Stadt Fellbach. Zudem wird ihm von den Universitäten Bielefeld und Tübingen die Ehrendoktorwürde zugesprochen. Den Joseph-Breitbach-Preis bekommt Krüger 2010. 2017 wird Krüger mit dem Eichendorff-Literaturpreis des Wangener Kreises (Gesellschaft für Literatur und Kunst des Ostens e.V. mit der Stadt Wangen und der Stiftung Kulturwerk Schlesien, Würzburg) geehrt. Im Rahmen des 3. Literaricums Lech im Jahr 2003 wird Michael Krüger als Poeta laureatus gewürdigt. 

Von 2013 bis 2019 fungiert Michael Krüger als Präsident der Bayerischen Akademie der Schönen Künste. Seine Amtszeit dort endet 2019 aufgrund einer Kontroverse. Des Weiteren ist der Autor Mitglied des P.E.N.-Zentrums Deutschland, der Deutschen Akademie für Sprache und Dichtung sowie der Berline Akademie der Künste.