Neben Johanna Spyri (Heidi) und Ottilie Wildermuth (Aus Schloß und Hütte) zählt Agnes Sapper zu den erfolgreichsten und meistgelesenen deutschsprachigen Jugendbuchautorinnen des frühen 20. Jahrhunderts. Ihr bekanntestes Kinderbuch Die Familie Pfäffling (1907), das vom Alltag einer in Geldnöten steckenden Musikerfamilie handelt, wird bis zur Neuauflage 2002 rund 900000 Mal verkauft und weltweit in verschiedene Sprachen übersetzt, darunter ins Japanische. Ihre Bücher erscheinen in einer Gesamtauflage von 3 Millionen Exemplaren.

Geboren wird Agnes Sapper 1852 in München, wo sie vom Vater liberal, von der Mutter fränkisch-protestantisch geprägt im Stil einer „höheren Tochter“ erzogen wird. Agnes Sappers Vater ist der Jurist, bayerische Landtagsabgeordnete und Gründer der in München und Frankfurt am Main erscheinenden national-liberalen Süddeutschen Zeitung Carl Ludwig Theodor Brater. Nach dessen Tod übersiedelt sie mit ihrer Schwester Anna und der Mutter nach Erlangen, wo die Mutter ihrem verwitweten Bruder den Haushalt führt.

1875 heiratet Agnes Sapper, die inzwischen als Privatlehrerin tätig ist, den Stadtschultheiß von Blaubeuren und späteren Gerichtsnotar Eduard Sapper. Mit ihm hat sie fünf Kinder, von denen zwei im frühen Alter sterben. 1882 zieht sie nach Neckartailfingen, 1888 nach Esslingen und 1892 nach Calw.

Anlässlich eines Preisausschreibens der Zeitschrift Immergrün 1882 und ermutigt durch ihren Ehemann beginnt Agnes Sapper ihre schriftstellerische Karriere mit der Erzählung In Wasserfluten. Danach folgen Erzählungen wie Das erste Schuljahr (1894) und Gretchen Reinwald. Erlebnisse eines Schulmädchens (1901), in denen sie ihre Erfahrungen als Lehrerin einer Sonntagsschule aufgreift. Bereits 1898, nach dem Tod ihres Mannes, übersiedelt sie zur Mutter nach Würzburg.

Hier schreibt Agnes Sapper ihren großen Romanerfolg, Die Familie Pfäffling, und dessen Fortsetzung Werden und Wachsen. Erlebnisse der großen Pfäfflingskinder (1910). „Es ist ein puritanisches Buch. Es singt nicht. Es belehrt ständig“, urteilt der Kinderbuchautor James Krüss, doch sind die Episoden aus dem bürgerlichen Familienleben einer kinderreichen Musikerfamilie in einer süddeutschen Kleinstadt mehr als nur Gluckenphilosophie und verkappte Spießer-Idylle. Zwar bleibt die Parteinahme für das Kind künftigen Generationen vorbehalten, allein aus Einsicht und aus Liebe will die Autorin kindlichen Gehorsam und die Autorität der Eltern stärken. Die harmonisierende Schilderung liebenswerter Charaktere wird zudem verbunden mit Alltags- und sozialen Problemen, so in der Geschichte Regine Lenz (1904), in der sich eine Strafgefangenentochter gegen Anfeindungen und Verdächtigungen behaupten muss, oder in der Erzählung Im Thüringer Wald (1914), worin Sapper die Not thüringischer Spielzeugmacherfamilien und ihrer Kinder thematisiert.

Deutsch-national bis chauvinistisch wirken dagegen ihre im Ersten Weltkrieg verankerten Geschichten Kriegsbüchlein für unsere Kinder (1914) und Ohne den Vater (1915). Erwähnenswert bleibt Agnes Sappers Biografie ihrer Mutter Frau Pauline Brater, die 1908 im Münchner C. H. Beck Verlag erscheint. Ihre Romane besitzen im Vergleich zu anderen zeitgenössischen Jugendbüchern stets ein eigenes Profil: nicht die Entwicklung einer Einzelpersönlichkeit, sondern ein Familiengefüge steht im Mittelpunkt (Herbert Hummel).

Zur bleibenden Erinnerung an Agnes Sapper errichtet die Evangelische Kirche in Würzburg 1950 ein Altenheim, das „Agnes-Sapper-Haus“, das die Dichterin der Stadt zu Lebzeiten stiftet. Dort verbringt ihre Tochter Anna bis zu ihrem Tod im Jahre 1969 den Lebensabend. In Erlangen gedenkt eine nach Agnes Sapper benannte Straße der Jugendbuchautorin.

Ihr Grab befindet sich auf dem Würzburger Hauptfriedhof.