Joachim Enzmilner, 1600 geboren in Babenhausen (Schwaben), ist das älteste von sieben Kindern eines Lateinlehrers. Nach dem Besuch der Lateinschule in Babenhausen kommt er mit 15 Jahren zum Studium an die Jesuitenuniversität nach Ingolstadt. 1620 schließt er das Philosophiestudium als Magister ab. In dieser Zeit verfasst er das Traktat „Modus bene vivendi“ (Die Art gut zu leben). In Wien wird er zum Doktor der Philosophie promoviert und 1626 zum Doktor der Jurisprudenz Enzmilner verfasst eine Apologetische Interimsrelation (1626 gedruckt bei Matthäus Formica, Wien) und eine Relation über die Bauernrebellion (laut Grüll, 1937, 218).

Mit seinem Wissen und seinem Fleiß erregt er die Aufmerksamkeit am Kaiserhof und steigt schnell in einflussreiche Positionen auf. Bereits 1629 wird er in den Adelsstand aufgenommen. Als „strenggesinnter Mann“ mischt er bei der Rekatholisierung des Landes mit. Enzmilner kommt zu einem ansehnlichen Vermögen, zu Macht und Einfluss, 1636 kann er von einem ausgewanderten Protestanten Schloss und Herrschaft Windhag östlich von Linz erwerben. Er lässt ab 1642 neben dem alten Schloss als repräsentativste und bestausgestattete Schloss des 17. Jahrhunderts im ganzen Mühlviertel erbauen. Enzmilner wird 1669 durch den Kaiser in den Reichsgrafenstand erhoben, er fördert Wissenschaften, stiftet Klöster und vergibt Stipendien an begabte Studenten seines Herrschaftsgebiets. Er ist sehr belesen und schreibt viel, sein Schloss stattet er mit einer großartigen Bibliothek aus, der Bibliotheca Windhagiana.

Aus seiner ersten Ehe mit Maria Kirchstetter aus Wien gehen 15 Kinder hervor, davon sind 10 Totgeburten, vier Kinder sterben nach der Taufe, es überlebt nur die Tochter Eva Magdalena (1629-1700). Seine zweite Ehe Maria Aemilia Gräfin von Sprinzenstein, die 35 Jahre jünger ist, bleibt kinderlos. Mit seiner Tochter Eva Magdalena gibt es wenig Übereinstimmung in der Lebensauf­fassung, sie ist eine gottergebene, weltabgewandte Frau. Als ihr Vater auf dem Höhepunkt seiner Macht steht, flieht Eva Magdalena aus dem Elternhaus und tritt ohne Einwilligung der Eltern in den Dominikanerinnen-Orden ein. Der enttäuschte Vater richtet das alte Schloss von Windhag als Kloster ein, dessen erste Priorin die Tochter wird.

Enzmilner stirbt nach einem Schlaganfall am 21. Mai 1678 und wird in dem von ihm gestifteten Dominikanerkloster Münzbach (Mühlviertel) beigesetzt. Eine Inschrift besagt, dass er als kaiserlicher Kommissär „die verfluchte Ketzerei in Niederösterreich ausgerottet“ hat. Seine Tochter lässt nach seinem Tod das prächtige neue Schloss Windhag abreißen, um die Steine für den Bau eines Dominikanerinnen­kloster zu verwenden. Noch ehe das Werk vollendet ist, „zündet der Blitz im Gebälk und spottet aller Mühe“. Als Eva Magdalena 1700 stirbt, hinterlässt sie einen Berg Schulden, das große Vermögen ihres Vaters ist aufgebraucht. Die aus literarischer Sicht bedeutendste Hinterlassenschaft Enzmilners ist die umfangreiche Bibliotheca Windhagiana, die später Teil der Wiener Universitäts­bibliothek wird.