Wilhelm Bauberger wird im schwäbischen Thannhausen an der Mindel geboren. Er zählt zu den bedeutendsten katholischen Jugendschriftstellern deutscher Sprache. Dennoch ist nur wenig über sein Leben bekannt. Seine Erzählungen, die mehrheitlich zwischen 1830 und 1850 entstehen, erfreuen sich bei den Zeitgenossen, vornehmlich der Jugend, großer Beliebtheit. Sie stehen ferner in enger Erzähltradition zu seinem erklärten Vorbild und ehemaligen Schulkameraden Christoph von Schmid, der als erfolgreichster Jugendbuchautor seiner Zeit gilt. Schmid schreibt ihm später ein Vorwort für sein Erstlingswerk Die Beatushöhle, das Bauberger nach eigenen Angaben bereits im Alter von 17 Jahren, während seines Medizinstudiums verfasst. Ein Freund des Hauses Bauberger, der Augsburger Buchhändler Wolff, ermutigt ihn zur Veröffentlichung. Dieses Werk wird Wilhelm Baubergers größter Erfolg, an den er mit seinen nachfolgenden Schriften nicht mehr anknüpfen kann.

Später veröffentlicht er seine Bücher oft nur noch unter dem Pseudonym „Der Verfasser der Beatushöhle“. Sein Erstlingswerk verbindet gemeinhin die Handlungslinien von Schmids Erzählungen Rosa von Tannenburg und Die Ostereier. So wird Schmids „Vorsehungspädagogik“, die in Relation zum Tugend-Lohn- und Untugend-Strafe-Schema steht, in Baubergers Erzählung eingeflochten. In diesem Zusammenhang steht folglich die sittliche, religiöse Erziehung im Vordergrund, welche bei Bauberger jedoch stärker moralisierend geprägt ist.

Nach Die Beatushöhe schreibt Bauberger eine Vielzahl an Geschichtsbüchern und Bearbeitungen von Heiligenlegenden, die zumeist einen katholischen Hintergrund aufweisen und an eine jugendliche Zielgruppe adressiert sind. Besonders für seine historischen Schriften erhält er positive Kritik. In späteren Jahren versucht er sich zudem als Lyriker und Dramatiker, jedoch mit mäßigem Erfolg.

Neben seiner schriftstellerischen Tätigkeit praktiziert Bauberger als Arzt in Höchstädt und Augsburg, wo er hohes Ansehen genießt. Um mehr Zeit für die Schriftstellerei aufzubringen, bewirbt er sich als Gerichtsarzt, wofür er Absagen erhält. Bauberger lässt sich daraufhin in Obermedlingen nieder, wo er weitere Erzählungen verfasst. Das baubergersche Werk umfasst insgesamt 55 Erzählbände, in den letzten 30 Jahren seines Lebens erscheinen jedoch kaum noch relevante Werke.

Am 8. Februar 1883 stirbt Wilhelm Bauberger in seiner Heimatstadt Thannhausen. Aus seinem Nachlass sind erschienen: die Erzählungen Das schwäbische Wanderlied (1899), Das wahre Glück. Eine Erzählung fürs Volk (um 1920) sowie Der Jüngling von Nyssa. Eine Erzählung aus dem ersten Jahrhundert christlicher Zeitrechnung (3. Aufl. 1923).