Nach dem Besuch der Lateinschule studiert Balthasar Philgus 1622 zunächst in Tübingen, wo er ein Jahr später den Magister macht, um sich dann dem Studium der Theologie in Straßburg zu widmen. 1625-1627 wird er als Konrektor an die Kemptener Lateinschule berufen und 1627 vom streitbaren Prediger seiner Heimatstadt Georg Zaemann ordiniert und nach Lindau empfohlen. Zuvor (1626) hat Philgus in Kempten die Tochter des Predigers Elias Schacher, Magdalena, geheiratet, mit der er vier Söhne und eine Tochter hat. Drei weitere, kinderlose Ehen schließen sich nach dem Tod Magdalenas in den Folgejahrzehnten an.

Bis 1651 zeichnet sich Balthasar Philgus als redegewandter Prediger aus, der sich vor dem Hintergrund des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) gut in die Lebenswirklichkeit der Lindauer Bevölkerung einfühlt und ihre Geschicke theologisch zu deuten weiß. Ein Teil seiner Predigten wird gedruckt. Nicht nur als rhetorisch-religiöse Texte, sondern auch als historische Quellen für die Stadt sind seine Predigten erwähnenswert. Zusammen mit den Lehrern Jacob Jelin und Matthias Hager und anderen Autoren verfasst Philgus Texte für den Friedens-Gesang, die vom Lindauer Komponisten Johannes Werlin 1643 dem Stadtrat gewidmet werden. Daneben beschäftigt sich Philgus mit den Kirchenvätern und bearbeitet Werke Augustinus'. Zu seinen Aufgaben gehören ferner die Betreuung der reichsstädtischen Bibliothek und die Aufsicht über das Schulwesen, woraus u.a. seine Lindauische Kinderlehre (1639, gedr. 1644) hervorgeht.

Von Herzog Eberhard III. erhält Balthasar Philgus 1651 das Angebot, als Prediger in württembergische Dienste zu treten. Er wird als außerordentlicher Professor nach Tübingen berufen, im Juni 1652 erfolgt seine Doktorpromotion.

Am 21. Mai 1653 stirbt Balthasar Philgus. Zu den Nachkommen seines Urenkels Dr. med. Johann Balthasar Philgus (1700-1762) gehört der flämische Schriftsteller Anton Bergmann (1835-1874).