Franz Xaver Frey kommt 1700 auf dem Hof Nollen der Pfarrei Böhen bei Ottobeuren als Kind der Bauerseheleute Gabriel und Anna Frey zur Welt. Seine Studien absolviert er an der Klosterschule zu Ottobeuren und tritt dann in das Benediktinerstift Ochsenhausen ein. Unter Abt Beda Werner legt er die Ordensgelübde ab und erhält den Ordensnamen Alphons. Pater Alphons Frey widmet sich im Kloster Ochsenhausen vor allem dem Studium der Heiligen Schrift und der Geschichte. Er wird zu einem bedeutenden Orientalisten und Geschichtsforscher. In seinen letzten Lebensjahren beschäftigt er sich intensiv mit der Offenbarung des Heiligen Johannes und nimmt eine Exegese der ganzen Apokalypse mit Ausnahme der ersten drei Kapitel vor. Sein Manuskript erregt im Kreis der Ordensbrüder Aufsehen, es wird vielfach abgeschrieben oder exzerpiert. Der Abt des Klosters Ottobeuren Honorat Goehl lässt eine getreue Abschrift des Kommentars nehmen. In der Bayerischen Staatsbibliothek befinden sich zwei handschriftliche Exemplare seines Kommentars. 

Frey nimmt in seinen Kommentaren zur Apokalypse an, dass es in der Zeit um 1801 zu einer Säkularisation kommen wird. In der Folgezeit wird intensiv darüber diskutiert, ob Frey seherische Fähigkeiten hatte oder lediglich über eine scharfe Kombinationsgabe verfügte. Er selbst hat die Annahme, er habe Visionen, stets entschieden zurückgewiesen. Martin Sontheimer (1922, S. 14) erklärt dazu: 

Die Deduktionen des P. Alphons Frey klingen so wunderbar, dass man versucht ist, Visionen anzunehmen. Sie sind iedoch auch ohne Annahme von solchen erklärlich. Denn da P. Alphons erst 1763 starb, als man schon Säkularisationsproiekte machte, konnte er diese sehr wohl kennen und in den Kreis seiner Untersuchungen ziehen. Die Nennung des Jahres 1801 konnte eine glückliche Schlussfolgerung aus aufgestellten Prämissen sein.

Sontheimer kommt zum Schluss, dass die Annahme einer wirklichen Prophetie bei P. Alphons Frey wohl auszuschließen sei, gesteht dem Pater aber – ebenso wie der Verfasser der Ottobeurer Jahrbücher Maurus Feyerabend – zu, durchaus im Besitz eines „höheren Geisteslichtes“ gewesen zu sein.

Frey stirbt am 13. August 1763 im Benediktinerstift Ochsenhausen. Fast 70 Jahre nach seinem Tod erscheint 1831/1832 Des P. Alphons Frey Erklärung der Offenbarung des heiligen Apostels Johannes als prophetischer Schlüssel zu den Schicksalen der Kirche und der Staaten in zwei Bänden. Der Regensburger Generalvikar und Historiker Alfons Maria Scheglmann (1903, S. 292ff.) bemängelt hierzu allerdings, der Herausgeber habe Freys Werk stellenweise mehr bearbeitet als ediert.